В начале войны на Нива ГЭС-2 из четырех агрегатов три вывезли в тыл. Остался только один. Он работал на железную дорогу и на Кандалакшский авторемонтный завод, где чинили поврежденную военную технику. Первые бомбы упали на станцию в сентябре 41-го.
«При каждом налете мы уходили в укрытие. Но дежурные инженеры оставались у пульта даже во время бомбежки. А после весь персонал шел восстанавливать повреждения», — вспоминал ветеран станции Михаил Печуев.
Однажды бомба весом 250 кг упала между трубопроводами № 1 и 2, но не разорвалась. Довольно надежную защиту от осколков обеспечивали бревенчатые ряжи с засыпкой песком. Войсковые части не смогли прислать специалистов для обезвреживания боеприпасов и работникам ГЭС приходилось вывозить их одну за другой своими силами.
В 1942 году на станцию начали возвращать оборудование. 15 сентября ввели в эксплуатацию агрегат № 2, 5 марта 1944 года пустили агрегат № 4, а в 1944 году выработка превысила довоенную.